Vědecká činnost Ústavu cizích jazyků se v současnosti nejvíce zaměřuje na výzkumy v oblasti jazykovědy, kde se navazuje na dosavadní výsledky československé funkčně-strukturální jazykovědy. V rámci jednotlivých oddělení ústavu se jejich členové přitom snaží tyto výsledky rozvíjet zaměřením na ty trendy v současném výzkumu, které zaručují, že výsledky jejich vědecké činnosti na jedné straně umožní prohloubení vědecké spolupráce s partnerskými institucemi doma i v zahraničí a na straně druhé zároveň zvýrazní jedinečnost výzkumu příslušných oblastí na ÚCJ.
Hlavními směry vědecké činnosti kmenových pracovníků Ústavu cizích jazyků tak v současné době jsou:
- Srovnávací pragmalingvistická analýza angličtiny, češtiny a němčiny z hlediska nových interdisciplinárních přístupů k řešení problematiky dialogu v interakci s extralingválními prostředky
- Obecné a speciální otázky teorie aktuálního členění jazykových výpovědí z pohledu tzv. brněnské školy funkční syntaxe
- Aplikovaná fonetika a fonologie anglického jazyka
- Srovnávací lexikologie anglického a německého jazyka se zaměřením na vlivy lexika cizích jazyků
- Problémy interferenčních jevů při výuce německého jazyka z pohledu metod korpusové jazykovědy
- Jevy aktuálního členění v italském jazyce ve srovnání s češtinou a angličtinou
V rámci České republiky jsou tyto oblasti rozvíjeny ve spolupráci s příslušnými ústavy následujících institucí:
- Karlova univerzita
- Masarykova univerzita v Brně
- Ostravská univerzita
- Univerzita Palackého Olomouc
V oblasti zahraniční vědecké spolupráce ústav udržuje úzké kontakty s následujícími institucemi:
- Auburn University, Auburn, Alabama (USA)
- Institut für deutsche Kultur und Geschichte, München (SRN)
- Institut für Deutsche Sprache, Mannheim (SRN)
- Johannes Keppler Universität Linz, Linz (Rakousko)
- Prešovská universita, Prešov (Slovensko)
- Technische Universität Dresden, Drážďany (SRN)
- Università degli Studi RomaTre, Řím (Itálie)
- University of Limerick, Limerick (Irsko)
- Univerzita sv. Cyrila a Metoda v Trnave, Trnava (Slovensko)
- Univerzita ve Wroclawi, Ústav germanistiky, Wroclaw (Polsko)
- Universität Würzburg, Würzburg (SRN)
- Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen (SRN)
