Správu a koordinaci projektů rozvojových a operačních programů připravovaných a řešených na univerzitě zajišťuje Centrum řízení projektů. Toto pracoviště poskytuje řešitelům na rektorátě i na součástech metodickou a administrativní podporu při předkládání a řešení projektů, zajišťuje projektové poradenství a koordinuje přípravu a realizaci celouniverzitních projektů. V oblasti rozvojových programů se jedná o projekty Ministerstva mládeže, školství a tělovýchovy ČR, v oblasti operačních programů se jedná o projekty evropských strukturálních fondů a projekty regionální spolupráce. Centrum rovněž zajišťuje přípravu a zpracování Výročních zpráv a Plánu realizace Dlouhodobého záměru vzdělávací a vědecké, výzkumné, vývojové a inovační umělecké a další tvůrčí činnosti.