Ústav pro studium totalitních režimů zkoumá nesvobodná období našich novodobých dějin: dobu nacistické okupace 1939–45 a komunistické nadvlády 1948–89. Zaměřuje se na protidemokratickou činnost bezpečnostních složek státu, analyzuje okolnosti, za kterých může z demokratických podmínek vyrůst autoritativní režim. Ústav má bohatou vydavatelskou činnost, intenzivně se věnuje popularizaci a vzdělávání.