Oddělení bylo do organizační struktury univerzity zařazeno v roce 2022 za účelem posílení kapacit pro přípravu a realizaci strategicky významných projektů univerzity z dotačních titulů jako jsou Fond spravedlivé transformace, Národní plán obnovy, Programu na podporu strategického řízení, OP JAK a další. Oddělení také koordinuje spolupráci s partnery a dalšími útvary univerzity, jež se na přípravy a realizaci projektu zapojují. Oddělení spravuje prorektor pro řízení projektů.