Vědeckovýzkumné zaměření Ústavu středoevropských studií vychází ze tří hlavních směrů vědeckovýzkumné činnosti: 1. Represe totalitních režimů a odškodnění jejich obětí střední a východní Evropy, 2. Problémy demokracie ve střední, východní a jihovýchodní Evropě a 3. Sociální a politické myšlení ve střední Evropě ve 20. století.
V rámci výzkumu represí totalitárních režimů a odškodnění jejich obětí ve střední a východní Evropě se naší badatelé zaměřují na prohloubení dosavadního výzkumu politických represí československých občanů a dalších obyvatel českých zemí včetně příslušníků českých menšin v bývalém Sovětském svazu, kteří se stali oběťmi deportací, gulagů, internačních a zajateckých táborů, věznic a nezákonných poprav. Dílčí úkoly jsou naplňovány v rámci projektu GA ČR (např. č. 409/09/0555 „Perzekuce československých občanů v Sovětském svazu (1918-1956)), kdy jejich cílem je objasnit mechanismy perzekucí a jejich historický kontext, doplnit soupisy obětí a zjistit jejich životní osudy. Výsledky konkrétně zaměřeného studia materiálů v centrálních a regionálních archivech Ruska a Ukrajiny budou porovnány s výsledky studia v českých archivech, a posouzeny ve spolupráci s institucemi a občanskými sdruženími Ruska, Ukrajiny, Polska a Slovenska, které se zabývají obdobným výzkumem. V rámci řešení tohoto vědeckovýzkumného úkolu je cílem zpřesnit informace o této problematice, jež byla až donedávna výzkumy opomíjena, a umožnit ji zařadit do rámce české historiografie. Výsledky výzkumu budou průběžně publikovány a poslouží i k uctění památky obětí perzekuce. V rámci historického směru výzkumu Ústavu středoevropských studií je rovněž realizován výzkum problematiky vysídlení Němců a proměny českého pohraničí v období let 1945-1951.
Politologicky orientovaný výzkum pracovníků Ústavu středoevropských studií je zaměřen do tří hlavních oblastí: výzkumu transformačního potenciálu nekonsolidovaných režimů v Evropě; posilování demokracie ve střední Evropě; demokracie na lokální úrovni. V rámci první oblasti jsou analyzovány transformační procesy ve středoevropspských a východoevropských zemích, které ne vždy vedly k vybudování demokratických politických systémů. Politický vývoj na Ukrajině nebo v Srbsku však potvrzuje, že je potřebné nadále studovat možnosti tranzice k demokracii v tomto areálu.
Druhá oblast výzkumu se věnuje problematice posilování demokracie v zemích střední Evropy, kdy v konsolidovaných demokraciích střední Evropy stále existují otázky, které vychází jak z teoretických protikladů moderní zastupitelské demokracie, tak i praktického nenaplňování základních příslibů demokracie. Pozornost je zvláště zaměřena na institucionální změny (postavení jednotlivých mocí, volby, posilování technik přímé demokracie atd.), diskuzi o možnostech úpravy zastupitelské demokracie posílením přímé účasti občanů a zaváděním nástrojů deliberace a problematice inkluze marginalizovaných skupin (zejména etnických menšin) do politických procesů v zemích střední Evropy (etnoregionální stranictví, politická participace etnických menšin na celostátní i regionální úrovni), stejně jako deliberativní demokracii. I když je tato koncepce demokracie v českém prostředí zmiňována jak odbornou, tak i politickou sférou velmi ojediněle, lze najít konkrétní návrhy úprav fungování lokální demokracie. Součástí výzkumu je rovněž otázka možnosti zavedení deliberativních experimentů v středoevropském prostoru. Poslední oblastí politologicky zaměřeného výzkumu je problematika demokracie na lokální úrovni. Výzkumný tým si klade za cíl navázat na primární výzkum mezi představiteli lokálních elit v obcích Moravskoslezského kraje do 3 tisíc obyvatel, který byl realizován v roce 2011 v rámci SGS a byl zaměřen na analýzu postojů, názorů a cílů zastupitelů. Problematika fungování lokální demokracie, vliv jednotlivých aktérů místní politiky na různé oblasti výkonu samosprávné činnosti obcí, jsou stále otevřena bližšímu zkoumání.
Třetí oblast výzkumů a bádání realizovaných na půdě Ústavu středoevropských studií se zaměřuje na sociální a politické myšlení ve střední Evropě ve 20. století. Zde je předmětem zájmu jak sociologický aspekt problému, tak aspekt filozofický. Z hlediska sociologického se jedná o výzkum v oblasti sociálního myšlení ve střední Evropě ve 20. století. Jeho základním východiskem je pomezí historické sociologie a filosofie, cílem je pak uchopit dějiny sociálního (především sociologického) myšlení ve středoevropských zemích z komparativní perspektivy a postižení vzájemného působení diskursivního světa sociální teorie a praktického světa politické praxe (např. v situaci vzniku národních států nebo nucených přesunů etnik ve střední Evropě po druhé světové válce jde především o otázky diskursivního prosazování určité koncepce národní identity; dále reflexe aktuálních dobových sociálních problémů jako byla hospodářská krize, nezaměstnanost, dělnická otázka apod.; a také reakce na proměny politických režimů a s tím související posuny představ o společenské funkci sociálních věd a perzekuce představitelů sociálních věd či celých vědních oborů). Z hlediska filosofického je pak realizován především výzkum politicko-filozofického myšlení 20. stol. ve střední Evropě, kdy ten spočívá v propojení dlouhodobého výzkumu tomistické filosofie s jejím uplatněním v politicko-filosofickém kontextu střední Evropy, kde zaujímá významné místo zvláště v rámci křesťansky orientované větve politického myšlení.
